第3集:1998年（86~128）
86（89） 诱拐现场特定事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作） 87（90） 白鹤报恩杀人事件◆ 88（91） 德休拉别墅杀人事件（前篇）◆ 89（92） 德休拉别墅杀人事件（后篇）◆ 90（93） 花香杀人事件◆ 91（94） 抢匪住院事件 92（95） 恐怖登山杀人事件（前篇）◆ 93（96） 恐怖登山杀人事件（后篇）◆ 94（97） 雪女传说杀人事件◆ 95（98） 小五郎约会杀人事件◆ 96（99~102） 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件★ 97（103） 离别美酒杀人事件◆ 98（104） 名陶艺家杀人事件（前篇） 99（105） 名陶艺家杀人事件（后篇） 100（106） 初恋情人回忆事件（前篇） 101（107） 初恋情人回忆事件（后篇） 102（108） 古装演员杀人事件（前篇） 103（109） 古装演员杀人事件（后篇） 104（110） 盗贼集团别墅事件（前篇） 105（111） 盗贼集团别墅事件（后篇） 106（112） 新闻照片杀人事件◆ 107（113） 鼹鼠星人之谜事件（前篇）◆ 108（114） 鼹鼠星人之谜事件（后篇）◆ 109（115） 侦探团大追击事件◆ 110（116） 烹饪教室杀人事件（前篇）◆ 111（117） 烹饪教室杀人事件（后篇）◆ 112（118） 帝丹小学七大离奇事件 113（119） 白色海滩杀人事件◆（注：该集根据漫画《名侦探柯南特别篇》第1卷改编，并非青山刚昌的原作） 114（120） 有氧潜水杀人事件（前篇） 115（121） 有氧潜水杀人事件（后篇） 116（122） 推理小说家失踪事件（前篇） 117（123） 推理小说家失踪事件（后篇） X 118（124~125） 浪花连续杀人事件★ X 119（126） 假面超人杀人事件◆ 120（127） 蜜蜂鸡尾酒杀人事件◆ 121（128） 浴室密室事件（前篇） 122（129） 浴室密室事件（后篇） 123（130） 天气预报小姐绑架事件◆ 124（131） 神秘的狙击者杀人事件（前篇）◆ 125（132） 神秘的狙击者杀人事件（后篇）◆ 126（133） 旅行剧团杀人事件（前篇）◆ 127（134） 旅行剧团杀人事件（后篇）◆ 128（135） 黑衣组织10亿元抢劫事件◆ B（注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创）
