在行星Zi上，一心希望成为象父亲那样成为优秀的zoids机师的少年邦，同欧卡诺伊多(Organoid)奇克和神秘少女菲妮一起踏上找寻…

主角路吉和他父亲及村里人去打捞一个机兽,而就在打捞完毕后不久村里遭受帝加路特国的银色机兽袭击,主人公无意中启动了打捞上来的…